Logo Yayasan Nabil memiliki makna:

1. Lima buah cincin yang belum menutup melambangkan dan menyadarkan kita bahwa Nation Building adalah proses yang terus berkelanjutan dan tidak pernah selesai (never ending process).

2. Cincin yang berjumlah lima tersebut sekaligus melambangkan ideologi Pancasila.

3. Aneka warna cincin melambangkan Pluralisme dan Multikulturalisme di Indonesia, sesuai dengan motto Bhinneka Tunggal Ika, berbeda-beda tetapi tetap satu jua.

4. Logo ini bermakna merangkul dan mengayomi semua, atas dasar kesetaraan, tanpa adanya pembedaan.